Riconosciuto come struttura ospedaliera di rilievo nazionale e ad alta specializzazione, l’Ospedale è sede di DEAS (Dipartimento Emergenza ad Alta Specializzazione), di Trauma Center, Cardiochirurgia, Neurochirurgia, Chirurgia vascolare, Chirurgia toracica, Cardiologia interventistica (Emodinamica ed Elettrofisiologia), Terapie intensive specialistiche, Centro trapianti di rene, Radioterapia e Chirurgia plastica. Dal 1998 l'Ospedale è sede del triennio clinico (oltre che della Microbiologia e Biochimica clinica) della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell'Università dell'Insubria. Precedentemente era stato sede dei corsi pareggiati della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell'Università di Pavia (dal 1972) e della 2° Facoltà di Medicina e Chirurgia della stessa Università (dal 1990). L'Ospedale ospita tutte le specialità cliniche, eccetto quelle dell'area materno-infantile ubicate nel vicino Ospedale Del Ponte, per offrire un percorso di cura multidisciplinare.

• Trauma Center
• Cardiochirurgia
• Neurochirurgia
• Chirurgia vascolare
• Chirurgia toracica
• Cardiologia interventistica (Emodinamica ed Elettrofisiologia)
• Terapie intensive specialistiche
• Centro trapianti di rene
• Radioterapia
• Chirurgia plastica